- Không áp dụng với đối tượng là động vật vì gây đột biến là sinh vật chết hoặc không sinh sản được

- Phương pháp này có hiệu quả cao với đối tượng là vi khuẩn vì chúng sinh sản nhanh dễ phân lập tạo dòng thuần

- Tạo giống đột biến chủ yếu áp dụng với vi sinh vật ít áp dụng với thực vật và hiếm áp dụng với động vật

- Người ta có thể sử dụng tác nhân vật lí và hóa học để tác động gây đột biến trong đó tác nhân vật lí thường có hiệu quả cao hơn